MRUSA Kontrolės komisija - Studentų atstovybės kolegialus valdymo organas, kurį sudaro trys asmenys, tačiau Kontrolės komisijos nariais negali būti Valdybos nariai, Prezidentas ir Studentų atstovybėje atsakingas pareigas einantys asmenys. Kontrolės komisijos pagrindinė funkcija yra tikrinti ir vertinti Studentų atstovybės veiklos teisėtumą, tikslingumą ir efektyvumą, tačiau daugiau informacijos apie Kontrolės komisijos funkcijas galima rasti MRUSA Įstatuose.